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内藤コンファレンスは、自然科学の基礎的研究の振興を目的とし、1991年度から開催され、2009年度までに、26回ものコンファレンスが開催されています。
内藤コンファレンスは、2008年度からは、年に3回開催されているクローズドの国際会議です。ゴードン・カンファレンスの日本版を目指し、内藤コンファレンスらしいテーマを選択しています。「内藤コンファレンスらしさ」とは、可能な限り、科研費などの競争的研究資金によるテーマと重複せず、将来性・先見性があり、若手研究者にとって魅力的なテーマであることを意味しています。テーマの選考にあたっては、当財団の理事・監事・評議員および学会から、広く公募しています。
当コンファレンスは、3泊4日の合宿形式で行われ、コンファレンステーマの該当分野で活躍中の、著名な内外の研究者(約25名)による講演と、公募により選考されたポスター発表(約60名)によって構成されています。また、この会の目的の一つに、前述したような著名な研究者と、主として国内の若手研究者とが、密接に交流できる場を提供することにより、若手研究者の育成に貢献することが挙げられます。
当コンファレンス会期中に発表されるポスター発表のうち、優秀な発表者20名に、特定研究助成金として、一人当たり50万円の研究助成金(総額1,000万円)を贈呈し、自然科学の基礎的研究の振興にも貢献しています。